近年来，南京工程公司坚持以高水平规划引领技术先导型工程公司创建，加快推进发展动能转换，不断完善技术创新体制机制，进一步畅通从科研成果到生产力转化的大动脉，打通新技术产业化的“最后一公里”。
规划引领 机制改革释放活力
健全创新责任体系。南京工程公司形成以技术委员会为决策层，业务部门为管理层，各基层单位、创新工作室为科技研发和成果转化应用层的科技创新体系，优化科技创新组织模式，设立公司重点科研任务支持清单。对于承担的国家和集团公司科技攻关项目、公司关键核心技术攻关等专项任务，他们实行“项目长”负责制，挑选精兵强将，组建研发团队;实施揭榜挂帅制度，研发工作坚持项目化推进。
完善科技创新奖励激励机制。根据成果创造与转化不同阶段的特点，该公司建立“关键贡献者优先”的持续激励制度，落实中长期激励措施。对于重点研发项目，该公司设置专项经费，实施全周期激励，提高这一类项目间接费用比例，给“项目长”在人员配置、考核奖励、经费使用上给予更大权责。他们还建立完善试错容错机制，完善研发课题立项机制、运行机制、退出机制。
自主创新 攻坚关键核心技术
作为科技创新的主体，该公司在加快推动科技创新体制机制改革的背景下，把解决“卡脖子”技术、关键核心技术放在更加突出的重要位置。
该公司自主研发的硫酸低温热回收技术是节能增效的典型。每年全国硫酸行业产能1.25亿吨，该技术使硫酸装置的余热回收率提高20%，吨酸综合能耗则下降50%以上，实现硫酸低温热回收技术的国产化，各项指标达到了国际先进水平。
碳捕集利用与封存(CCUS)技术，被认为是最具市场潜力的前沿减排技术之一。2013年，该公司成立了CCUS工程技术中心，主动参与CCUS技术开发及工程设计，组建研发团队，先后参与5个方向的技术研发工作。
2021年6月，由南京工程公司承担设计的中晋太行矿业有限公司30万吨/年直接还原铁工业示范装置产出合格海绵铁产品。该技术开发出焦炉煤气干重整制还原气工艺包并将其工程化，突破了国内不能生产直接还原铁的瓶颈，同时也为二氧化碳化学转化利用打下了坚实的基础。
2021年，采用南京工程公司牵头、中石化南化研究院有限公司和四川大学联合开发的二氧化碳矿化脱硫渣关键技术，万吨级二氧化碳矿化脱硫渣工业试验装置建成。
人才驱动 营造全员创新氛围
南京工程公司始终坚持“人才是公司的第一资源”理念，大力实施人才强企工程，建立健全科技人才培养体系，不断创新科技人才工作机制，将造就高素质人才队伍、推动人才工作科学发展作为公司可持续高质量发展的重要基础和战略支撑。
加强科技人才的引进培养。实施高层次人才引进计划，尤其对于紧缺人才，实施个性化引才，采取“一事一议，一事一策”的方式，近年设立“优才工作站”，从海内外重点高校吸引研发人才。
逐步扩大专家队伍规模，形成不同层次的专家梯队。该公司成立2个首席专家工作室、13个职工(劳模)创新工作室，建立内部“导师制”，通过下达任务书、培养协议，培育了一批业务精通、善于钻研、专业领域能力突出的中高层级人才。
优化人才发展的环境空间。他们进一步完善人才评价体系，建立健全以创新能力、质量、贡献为导向的技术人才评价体系，形成更加灵活的人才管理体制，让更多的技术人才通过创新得到合理回报。
营造全员创新氛围。他们坚持将开展职工创新活动同培养创新人才、培育创新团队有机结合起来，鼓励青年员工积极参与，创新团队人员构成“老中青”结合，形成了“职工创新积极性高，创新人才进步快，创新团队成果多”良好局面。
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